El Covenant, después de una larga guerra de décadas ha comenzado una invasión a la Tierra. Tu serás el Jefe Maestro ayudado por Marins y Elites liderados por El Inquisidor. Halo 3 comienza con el Jefe Maestro cayendo a la atmósfera terrestre e impactando en una jungla africana, donde es recogido por el Inquisidor y el Sargento Johnson. El Jefe Maestro y compañía se abren paso hacia una base del UNSC, donde Miranda Keyes y Lord Hood planean un ataque aéreo hacia las naves del Profeta de la Verdad, que se han estacionado sobre un misterioso artefacto Forerunner desenterrado de las arenas de las ruinas de la ciudad de Nueva Mombasa, el "Arca". Cuando el Jefe destruye todas las fuerzas antiaéreas del Covenant en la ciudad de Voi, Hood comienza su ataque, sin embargo Verdad activa el artefacto antes de lo esperado, que se revela como un portal por el que el y sus seguidores pasan. Luego, una nave Covenant en control de los Flood llega a la Tierra y se estrella en Voi, infectándola. El juego cuenta con vehículos, armas y un modo de juego jamás visto en las entregas anteriores de la saga.
